Stygiolobus

Stygiolobus ist eine Gattung von Archaeen in der Familie Sulfolobaceae.^[1][3][4] Typusart ist Stygiolobus azoricus.^[1][4][2]

Die Mitglieder der Gattung Stygiolobus, repräsentiert durch ihre Typusart S. azoricus mit Referenzstamm FC6, sind anaerobe, extrem thermoacidophile (hitze- und säureliebende) Archaeen der Ordnung Sulfolobales. Wie in der Erstbeschreibung 1991 berichtet, konnten die Isolate FC6, FC4 und RG1 bei 80 °C und einem pH-Wert von 3,0 (fast so sauer wie Essig) kultiviert werden. Die FC6-Zellen lysieren bei pH-Werten über etwa 7,5 bis 8. Für die 1991er Erstbeschreibung wurden insgesamt 11 anaerobe Proben aus kochenden Solfatarquellen, Schlamm und Böden auf der Azoren-Insel São Miguel entnommen. Die Temperatur- und pH-Bereiche vor Ort lagen zwischen 72 und 102 °C bzw. pH 2,0 und 5,5. Im Detail:^[2]

Die Zellwände enthalten Muraminsäure und Meso-Diaminopimelinsäure (2,6-Diaminopimelinsäure, DAP). Der G+C-Gehalts beträgt etwa 38 mol%. Die 1991er Analysen legten eine Klassifizierung in die Familie Sulfolobaceae (Ordnung Sulfolobales) nahe. Aufgrund ihrer streng anaeroben Lebensweise, der fehlenden signifikanten DNA-Homologie mit anderen Mitgliedern der Sulfolobales und ihres G+C-Gehalts unterschieden sich die drei Stämme jedoch von den vier zuvor beschriebenen Gattungen dieser Ordnung, was Anlass für die Aufstellung der damals neuen Gattung Stygiolobus mit ihrer Typusart gab.^[2]

Die derzeit akzeptierte Taxonomie basiert auf der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)^[1] und dem National Center for Biotechnology Information (NCBI),^[3] ergänzt um Einträge aus der Genome Taxonomy Database (GTDB),^[4] Stand: 26. Dezember 2025:

Gattung (Biologie) Stygiolobus Segerer et al. 1991^(L,N,G)[2] [Stygiolobus Segerer et al. 1991 emend. Sakai et al. 2022^(N)]

• Spezies Stygiolobus azoricus Segerer et al. 1991^(L,N,G)[2] (Typusart^(L,G)[2])
  • Stamm DSM 6296^(L,N)[2] alias JCM 9021^(L,N) oder FC6^(L,N,G)[2] – Fundort: Furnas Caldeiras, São Miguel, Azoren^[2]
  • Stamm FC4^[2] – Fundort: Furnas Caldeiras, São Miguel, Azoren^[2]
  • Stamm RG1^[2] – Fundort: Caldeiras da Ribeira grande, São Miguel, Azoren^[2]

• Spezies Stygiolobus caldivivus Sakai et al. 2022^(L) [Stygiolobus sp. KN-1^(N)[5]]
  • Stamm JCM 34622 alias KCTC 4293^(L,N) oder KN-1^(L,N,G)[5] – Fundort: Dai Kyokan Jigoku,^[6] Präfektur Nagasaki. Japan

• Spezies Stygiolobus sp037389425^(G) [Stygiolobus sp. CP850M^(N), Stygiolobus sp. RP850M^(N), Stygiolobus sp. CP8521M^(N), Stygiolobus sp. CP859M^(N), [Sulfolobaceae archaeon RBS.bin.8^[7]]
  • Stamm CP850M^(N,G) – Fundort: Cinder Pool (CP), im Bogen des Tantalus Creek nordwestlich vom Constant Geyser,^[8] One Hundred Spring Plain (OSP), Yellowstone-Nationalpark, USA^(N)
  • Stamm CP8521M^(N,G) – Fundort: ebenda^(N)
  • Stamm CP859M^(N,G) – Fundort: ebenda^(N)
  • Stamm RP850M^(N,G) – Fundort: Realgar Spring/Pond (RP),^[9] Norris-Geysir-Becken, Yellowstone-Nationalpark, USA^(N)
  • Stamm RSEP2^(G) – Fundort: ENVO:0000207, Thermalquelle im Yellowstone Lake, Yellowstone-Nationalpark, USA^(G)
  • Stamm RBS.bin.8^(G) – Fundort: 'Red Bubbler' Spring (RBS) am Tantalus Creek, West-Südwest vom Rediscovered Geyser^[10] Norris-Geysir-Becken, Yellowstone-Nationalpark, USA^[7]

• L – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)^[1]
• N – Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI)^[3]
• G – Genome Taxonomy Database (GTDB)^[4]

Wo nicht anders angegeben ist der erste Stamm (bzw. das erste MAG) Typusstamm (englisch type strain) für die jeweilige Spezies.

Stygiolobus-Vertreter werden von Viren der Familie Rudiviridae parasitiert, darunter dem Stygiolobus rod-shaped virus (SRV; Spezies Azorudivirus furnasense, früher Azorudivirus SRV) mit stäbchenförmigen Virionen. SRV hat ein lineares dsDNA-Genom mit einer Länge von 28.096 bp (Basenpaaren).^[11]

Der Gattungsname Stygiolobus setzt sich zusammen aus dem lateinischen Adjektiv stygius ‚vom Styx‘, ‚zum Styx gehörig‘, ‚aus der Unterwelt‘; sowie lobus ‚Lappen‘. Der Name bezeichnet also einen lappigen Organismus aus dem Hades lobe; N.L. masc. n. Stygiolobus.^[1]

• Das Art-Epitheton azoricus ist ein neulateinisches Adjektiv mit der Bedeutung ‚von den Azoren‘, ‚zu den Azoren gehörig‘, was sich auf den Ort der erstmaligen Isolation der Art bezieht.^[1]

• Das Art-Epitheton caldivivus setzt sich zusammen aus den lateinischen Adjektiven caldus ‚heiß‘ und vivus ‚lebend‘, es verweist damit auf einen in einer heißen Umgebung lebenden Organismus.^[1]

• Gisle Vestergaard, Shiraz A. Shah, Ariane Bize: ​Stygiolobus Rod-Shaped Virus and the Interplay of Crenarchaeal Rudiviruses with the CRISPR Antiviral System. In: Journal of Bacteriology, Band 190, Nr. 20, 15. Oktober 2008, S. 6837​–6845; doi:10.1128/JB.00795-08, PMC 2566220 (freier Volltext), PMID 18723627 (englisch).
• Karl O. Stetter: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Hrsg.: J. T. Staley, M. P. Bryant, N. Pfennig, J. G Holt. 1. Auflage. Band  3. The Williams & Wilkins Co., Baltimore 1989, Order III. Sulfolobales ord. nov. Family Sulfolobaceae fam. nov., S. 169 (englisch). 

1. ↑ ^{a b c d e f g h} LPSN: Genus Stygiolobus Segerer et al. 1991.
2. ↑ ^{a b c d e f g h i j k l m n} Andreas H. Segerer, Antonio Trincone, Manfred Gahrtz, Karl O. Stetter: ​Stygiolobus azoricus gen. nov., sp. nov. represents a novel genus of anaerobic, extremely thermoacidophilic archaebacteria of the order Sulfolobales. In: International Journal of Systematic Bacteriology (International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology), Band 41, Nr. 4, 1. Oktober 1991, S. 495–501; doi:10.1099/00207713-41-4-495 (englisch).
3. ↑ ^{a b c} NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Stygiolobus, Details: Segerer et al. 1991 (genus), homotypic synonym: Stygiolobus Segerer et al. 1991 emend. Sakai et al. 2022; graphisch: Stygiolobus, auf Lifemap.
4. ↑ ^{a b c d} GTDB: Stygiolobus.
5. ↑ ^{a b} Koichi Nakamura, Norio Kurosawa, Hiroyuki D. Sakai: Complete Genome Sequence of a Novel Thermoacidophilic and Facultatively Anaerobic Crenarchaeon, Stygiolobus sp. Strain KN-1. In: Environmental Microbiology: Microbiology Resource Announcements, Band 10, Nr. 39, 30. September 2021; doi:10.1128/mra.00581-21, ResearchGate:354971203 (englisch).
6. ↑ Dai Kyokan Jigoku. Auf: Google Maps.
7. ↑ ^{a b} NCBI: Genome assembly ASM3224893v1. GCA_032248935.1: Sulfolobaceae archaeon RBS.bin.8.
8. ↑ Constant Geyser. Auf GeoNames.
9. ↑ Realgar Spring. Auf: GeoNames.
10. ↑ Rediscovered Geyser. Auf MapCarta (de).
11. ↑ ICTV: Taxon name: Azorudivirus furnasense. Dazu:
    • ICTV: 2020.141B.R.Rudiviridae.zip (docx & xlsx).
    • NCBI Taxonomy Browser: Stygiolobus rod-shaped virus.
    • NCBI Nucleotide: Stygiolobus rod-shaped virus.